Perfil del transcriptoma de raíz de papa resistente y susceptible a Globodera pallida

Palabras clave: Genes R, RNAseq, Solanum, RPKM, endoparásito

Resumen

Globodera pallida es un nemátodo formador de quistes. En la papa (Solanum tuberosum) ocasiona daños atrofiando las raíces. En los Andes peruanos ocasiona grandes pérdidas económicas a los agricultores. A través del análisis por RNA-seq, se identificaron genes candidatos que podrían mediar la resistencia contra este nemátodo. Dos variedades de papa: “María Huanca” (S. andigena) clon resistente (CIP 279142.12) y “Chimbina Colorada” (S. chaucha) clon susceptible (CIP 701013) a G. pallida, fueron utilizados para identificar genes expresados diferencialmente. Las raíces fueron inoculadas con G. pallida en segundo estadío juvenil (J2). El ARN total fue extraído a 72 horas post inoculación. El secuenciamiento fue realizado en plataforma Illumina HiSeq 2500. Las lecturas de buena calidad fueron mapeadas al genoma de referencia de S. tuberosum (clon DM1-3516 R44 v4.03). Reportamos 27717 y 27750 genes expresados en la variedad resistente y susceptible, respectivamente. El análisis comparativo identificó 100 genes candidatos, de ellos 91 genes fueron asociados con la resistencia a G. pallida (Fold Change ≥ 2 , p <0.05) y los 9 restantes con genes R ( Fold Change ≤ 1). En este último grupo se observaron diferencias en la expresión de genes NBS-LRR similar a Gro 1-8, genes relacionados a late blight y resistencia al Virus TMV.

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Biografía del autor

Germán De la Cruz, Facultad de Ciencias Agrarias. Laboratorio de Genética y Biotecnología Vegetal. Universidad Nacional de San Cristóbal de Huamanga, Ayacucho – Perú.

Escuela de Posgrado, Programa Doctoral en Ciencias e Ingeniería Biológica Universidad Nacional Agraria La Molina, Lima – Perú.

Edgar Neyra, Unidad de Genómica, Laboratorios de Investigación y Desarrollo (LID), Universidad Peruana Cayetano Heredia.

Escuela de Tecnología Médica, Facultad de Medicina Universidad Peruana Cayetano Heredia, Lima – Perú.

Publicado
2020-03-04
Cómo citar
Carreño, Hans, Olga Ponce, Regina Casanova, Germán De la Cruz, y Edgar Neyra. 2020. Perfil Del Transcriptoma De Raíz De Papa Resistente Y Susceptible a Globodera Pallida. Revista Peruana De Biología 27 (1), 027 - 034. https://doi.org/10.15381/rpb.v27i1.17576.
Sección
Artículos del congreso