Secuenciación de moléculas individuales de ácidos nucleicos en tiempo real (SMRT) para caracterizar transcriptomas e isoformas de ARNm

  • F. Abel Ponce de León Department of Animal Science, 305 Haecker Hall, College of Food, Agricultural and Natural Resource, Sciences, University of Minnesota, St. Paul, MN 55108, USA. https://orcid.org/0000-0001-8645-553X
  • Yue Guo Department of Food Science & Nutrition, 205 Food Science and Nutrition, College of Food, Agricultural and Natural Resource Sciences, University of Minnesota, St. Paul, MN 55108, USA. https://orcid.org/0000-0001-7363-319X
  • Brian Crooker Department of Animal Science, 305 Haecker Hall, College of Food, Agricultural and Natural Resource, Sciences, University of Minnesota, St. Paul, MN 55108, USA. https://orcid.org/0000-0002-8433-9946
Palabras clave: cromosoma Y, genes degenerados del X, secuenciación de nueva generación, secuenciación SMRT

Resumen

Nuestros esfuerzos están orientados a evaluar patrones de expresión génica del cromosoma Y bovino. Los genes de interés son los denominados genes X-degenerados que se encuentran en la región específica masculina del cromosoma Y (MSY). Esta región contiene el 95% del ADN del cromosoma Y. Estos genes son de copia única y tienen un homólogo en el cromosoma X. Ambos homólogos tienen perfiles amplios de expresión. Sin embargo, algunos genes, como el SRY que regula la determinación del sexo masculino, tienen funciones más específicas. La identificación de las diferencias de secuencia de ADN entre estos homólogos permitirá evaluar sus patrones de expresión espacial y temporal. La identificación de los ARNm codificados en el cromosoma Y y de sus isoformas permitirán analizar la expresión específica de sus isoformas en tejidos masculinos. Esto último facilitará nuestra evaluación de función génica en la diferenciación sexual masculina y la fertilidad. Por lo tanto, planteamos la hipótesis de que cada uno de estos genes homólogos degenerados del X genera isoformas y que existen patrones de expresión diferencial entre sexos y tejidos. Para investigar esto último, utilizamos una tecnología de secuenciación de nueva generación (NGS) que genera lecturas de secuenciación largas con un rango de longitud de 1000 a 10,000 pares de bases. Se secuenciaron los transcriptomas en varios tejidos (hígado, pulmón, adiposo, muscular, hipotálamo y testículo). Se utilizaron las secuencias generadas para el análisis bioinformático y la caracterización de isoformas. Siendo el foco de este manuscrito la tecnología SMRT, solo presentamos los resultados obtenidos con el análisis de los genes bUTY y bUTX.

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Publicado
2020-03-04
Cómo citar
Ponce de León, F., Yue Guo, y Brian Crooker. 2020. Secuenciación De Moléculas Individuales De ácidos Nucleicos En Tiempo Real (SMRT) Para Caracterizar Transcriptomas E Isoformas De ARNm. Revista Peruana De Biología 27 (1), 091-094. https://doi.org/10.15381/rpb.v27i1.17585.
Sección
Artículos del congreso