Análisis genómico comparativo de dos nuevos plásmidos de la cepa PQ33 de Acidithiobacillus ferrivorans

  • Robert Ccorahua 1 Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Facultad de Ciencias Biologicas, Laboratory of Molecular Microbiology and Biotechnology, Lima, Peru. 2 Department of Materials Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology, Tokyo, Japan. 3 Centro de Investigación en Bioingeniería - BIO, Universidad de Ingenieria y Tecnologia - UTEC, Lima, Peru. https://orcid.org/0000-0002-3771-5953
  • Anika Eca Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Facultad de Ciencias Biologicas, Laboratory of Molecular Microbiology and Biotechnology, Lima, Peru. https://orcid.org/0000-0003-4578-688X
  • Pablo Ramírez Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Facultad de Ciencias Biologicas, Laboratory of Molecular Microbiology and Biotechnology, Lima, Peru. https://orcid.org/0000-0001-9309-7021
  • Michel Abanto Núcleo Científico y Tecnológico en Biorecursos – BIOREN, Universidad de La Frontera, Temuco, Chile. https://orcid.org/0000-0001-9136-0041
  • Ruth Garcia-de-la-Guarda Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Facultad de Ciencias Biologicas, Laboratory of Molecular Microbiology and Biotechnology, Lima, Peru. https://orcid.org/0000-0003-4801-5642
  • Tito Sánchez Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Facultad de Ciencias Biologicas, Laboratory of Molecular Microbiology and Biotechnology, Lima, Peru. https://orcid.org/0000-0003-3853-2128
  • Jaime Sánchez-Venegas Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Facultad de Ciencias Biologicas, Laboratory of Molecular Microbiology and Biotechnology, Lima, Peru. https://orcid.org/0000-0002-2160-2428
Palabras clave: Acidithiobacillus ferrivorans, plásmido, conjugación, replicación, genómica comparative

Resumen

Acidithiobacillus ferrivorans es un acidófilo psicrotolerante capaz de hacer crecer y oxidar sustratos ferrosos y sulfurosos a bajas temperaturas. Hasta la fecha se han caracterizado seis genomas de este organismo; sin embargo, la evidencia de un plásmido en esta especie ha sido informado solo una vez, por lo que no hay un rol concluyente de los plásmidos en la especie. Aquí, dos plásmidos novedosos de A. ferrivorans PQ33 se caracterizaron molecularmente y se compararon a escala genómica. Se secuenciaron y anotaron los genomas de dos plásmidos (12 kpb y 10 kpb) de A. ferrivorans PQ33 (NZ_LVZL01000000). Los plásmidos, denominados pAfPQ33-1 (NZ_CP021414.1) y pAfPQ33-2 (NZ_CP021415.1), presentaron 9 CDS y 13 CDS, respectivamente. El análisis in silico mostró proteínas involucradas en la conjugación (TraD, MobA, Eep y XerD), sistemas de toxina-antitoxina (HicA y HicB), replicación (RepA y proteína de unión al ADN), regulación de la transcripción (CopG), chaperona DnaJ y un gen de virulencia (vapD). Además, los plásmidos contienen secuencias similares a las porinas selectivas de fosfato O y P y una proteína diguanilato ciclasa-fosfodiesterasa. La presencia de estos genes sugiere la posibilidad de transferencia horizontal, un sistema regulador de mantenimiento de plásmidos y adhesión a sustratos para especies de A. ferrivorans y PQ33. Este es el primer informe de plásmidos en esta cepa.

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Publicado
2021-02-24
Cómo citar
Ccorahua, Robert, Anika Eca, Pablo Ramírez, Michel Abanto, Ruth Garcia-de-la-Guarda, Tito Sánchez, y Jaime Sánchez-Venegas. 2021. Análisis Genómico Comparativo De Dos Nuevos Plásmidos De La Cepa PQ33 De Acidithiobacillus Ferrivorans. Revista Peruana De Biología 28 (1), e19743. https://doi.org/10.15381/rpb.v28i1.19743.
Sección
Trabajos originales