Análisis de la estructura secundaria del LSU rRNA mitocondrial de caracoles terrestres peruanos (Orthalicidae: Gastropoda)

  • Jorge Ramirez 1 Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad Nacional Mayor de San Marcos. 2 Museo de Historia Natural, Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Av. Arenales 1256, Apartado 14-0434, Lima-14, Perú.
  • Rina Ramírez 1 Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad Nacional Mayor de San Marcos. 2 Museo de Historia Natural, Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Av. Arenales 1256, Apartado 14-0434, Lima-14, Perú.
Palabras clave: 16S rRNA, Mollusca, Bulimulinae, DCSE, Mutaciones Compensatorias.

Resumen

El alineamiento de genes ribosomales es dificultoso debido a eventos de inserción y deleción de nucleótidos, convirtiendo el alineamiento en ambiguo; esto puede ser superado utilizando la información de la estructura secundaria. El objetivo del presente trabajo es evaluar la utilidad de la estructura secundaria en mejorar el alineamiento del gen 16S rRNA de caracoles terrestres de la familia Orthalicidae. Se evaluaron 10 especies de Orthalicidos (5 géneros). El ADN total fue aislado y parte del gen 16S rRNA fue amplificado y secuenciado usando primers internos. Las secuencias fueron alineadas con ClustalX y corregidas a mano, en formato DCSE, usando la estructura secundaria del 16S rRNA de Albinaria caerulea (Pulmonata: Clausiliidae). Las secuencias obtenidas variaron de 323 a 345 pb correspondiendo a partes del dominio IV y V del gen 16S rRNA. Se pudo recuperar por homología la estructura secundaria para los Orthalicidos usando RnaViz 2.0. La mayoría de las hélices son conservadas, siendo en general los bucles más variables. El fenómeno de mutaciones compensatorias en las hélices, estaría relacionado con la conservación de la estructura. La ausencia de un "bulge-stem-loop" en el dominio V ubica a la familia Orthalicidae dentro de Heterobranchia.

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Publicado
2010-04-19
Cómo citar
Ramirez, Jorge, y Rina Ramírez. 2010. Análisis De La Estructura Secundaria Del LSU RRNA Mitocondrial De Caracoles Terrestres Peruanos (Orthalicidae: Gastropoda). Revista Peruana De Biología 17 (1), 053- 057. https://doi.org/10.15381/rpb.v17i1.51.
Sección
Trabajos originales